Szlak Architektury Drewnianej powstał w 2001 roku z inicjatywy Województwa Małopolskiego. Po opracowaniu koncepcji szlaku i podpisaniu umowy z sąsiednimi województwami o współpracy w zakresie jego tworzenia w latach 2001-2003 wszystkie obiekty zostały oznakowane tablicami, a dojazd do nich znakami drogowymi.
W 2003 roku cztery kościoły drewniane z Małopolski zostały szczególnie wyróżnione wpisem na Listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Naturalnego UNESCO.